Căn cứ Luật KTNN và ý kiến của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, ngày 07/02/2006, Tổng Kiểm toán Nhà nước đã ký Quyết định số 21/QĐ-KTNN về Kế hoạch kiểm toán năm 2006 của KTNN. Theo đó, năm 2006, KTNN sẽ tiến hành kiểm toán hơn 100 đầu mối thuộc các lĩnh vực ngân sách nhà nước, doanh nghiệp nhà nước, đầu tư - dự án và chương trình đặc biệt…
Theo yêu cầu của Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội, ngày 07 tháng 9 năm 2005 KTNN đã có buổi báo cáo kết quả kiểm toán theo luật NSNN đối với các lĩnh vực
Thực hiện Quyết định số 1082/QĐ-KTNN ngày 14/8/2007 của Tổng Kiểm toán Nhà nước về việc kiểm toán Dự án Nhà máy Thuỷ điện Hàm Thuận - Đa Mi. Đoàn KTNN đã tiến hành kiểm toán Dự án Nhà máy Thuỷ điện Hàm Thuận - Đa Mi từ ngày 16/8 đến 16/11/2007.
Năm 2005, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) đã thực hiện kiểm toán: báo cáo quyết toán ngân sách của 30 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (chiếm 28,3% số thu và 40,5% chi ngân sách địa phương); báo cáo quyết toán của 11 bộ, cơ quan trung ương (chiếm 22,4% chi ngân sách trung ương); báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước năm 2004; ...
Chương trình phát triển kinh tế - xã hội các xã đặc biệt khó khăn miền núi và vùng sâu, vùng xa (gọi tắt là Chương trình 135) của Chính phủ được thực hiện theo Quyết định số 135/1998/QĐ-TTg ngày 31 tháng 7 năm 1998 của Thủ tướng Chính phủ. Mục tiêu của chương trình nhằm nâng cao đời sống vật chất, tinh thần cho đồng bào các dân tộc ở các xã đặc biệt khó khăn, niềm núi và vùng sâu, vùng xa; tạo điều kiện để các vùng này thoát khỏi tình trạng nghèo nàn, lạc hậu, chậm phát triển, hòa nhập vào sự phát triển chung của cả nước; góp phần đảm bảo trật tự, an toàn xã hội, an ninh quốc phòng.
Dự án trồng rừng mới 5 triệu ha rừng triển khai trong giai đoạn từ năm 1988 đến 2010, là dự án quan trọng được Quốc hội khóa X kỳ họp thứ 2 năm 1997 thông qua chủ trương đầu tư, giao Chính phủ tổ chức thực hiện tại Nghị quyết số 08/1997/QH10. Để triển khai Dự án, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 661/QĐ-TTg ngày 29/07/1998 về mục tiêu, nhiệm vụ, chính sách và tổ chức thực hiện dự án.